Die wichtigste Aufgabe des Rechnungshofes besteht darin, die effiziente Führung des Haushalts der Europäischen Union und die recht- und zweckmäßige Verwendung der Gelder sicherzustellen. Der Rechnungshof überprüft die Einnahmen und Ausgaben der Gemeinschaftsorgane kritisch und nimmt zu diesem Zweck Buchprüfungen und Kontrollen vor Ort vor. Mit seiner nachträglichen detaillierten Prüfung der Finanzflüsse soll er für mehr Transparenz sorgen und den Druck auf die Europäische Kommission erhöhen, effizient zu wirtschaften. Der Rechnungshof erstellt am Ende jedes Haushaltsjahrs einen Bericht über die Ausgaben der Kommission, den er dem Europäischen Parlament und dem Rat vorlegt. Da das Parlament die Verwendung der Haushaltsmittel durch die Kommission nachträglich genehmigen muss, ist der Bericht des Rechnungshofs für die Entscheidung des Parlaments von großer Bedeutung.
Die Kommission erhält eine darüber hinausgehende allgemeine Bescheinigung ihrer Zuverlässigkeit vom Rechnungshof nur dann, wenn seiner Auffassung nach insgesamt eine Gewähr dafür gegeben werden kann, dass die Steuergelder der Unionsbürger ordnungsgemäß eingesetzt werden.
Mit Stellungnahmen zu europäischen Gesetzgebungsvorhaben und zu Maßnahmen in den Bereichen Finanzen und Betrugsbekämpfung nimmt der Rechnungshof auch eine beratende Funktion wahr.